2015年5月18日至24日，深圳市遭遇今年入汛以来最强降雨。建设总部领导和各工程中心有关负责人高度重视、提前部署，要求所有工点时刻关注天气情况、全面进入暴雨预警状态。并提前对7、9、11号线所有施工现场及其毗邻区域进行全面排查，梳理出每一个风险点，安排专人盯防，重点对地势低洼、容易积水内涝部位加强巡查，严阵以待、防患未然。在地铁集团和建设总部领导共同督导下，地铁7、9、11号线BT项目公司和各参建单位及时启动了暴雨预警，采用多项防汛措施，齐心协力、众志成城，再次成功抵御暴雨来袭，保证各工点安全可控。
7号线中电建BT指挥部要求各标段项目部对所有工点做好各项防汛措施，加强防汛应急物资储备，安排专人对基坑周边进行巡查。各标段项目部按照指挥部的统一部署，成立了防汛抗洪安全工作领导小组和应急抢险队伍，明确职责、统一指挥。
9号线中建南方公司在周调度例会上特别对“三防”工作进行部署，成立暴雨期间24小时应急值班小组，安全总监和质量总监带队对深圳湾公园站、大剧院站等重点防汛站点进行了巡查。各标段成立以项目经理为领导的应急值班小组，层层落实值守要求，每隔两小时汇报一次现场情况。在深南路因雨量过大而出现短时间积水时，标段项目部领导第一时间到现场进行了紧急处置。
11号线中铁建投根据“511暴雨”期间出现的险情，进一步加强防洪度汛措施，成立全线防洪度汛领导小组。同时根据现场实际情况配足防洪物资设备，建立台账、专人管理。并根据防洪联合检查结果，重点落实了各标段防洪区段及防洪责任，做到准备到位、责任明晰。
本次强降雨结束后，地铁7、9、11号线所有隧道、车站、车辆段和停车场均未发生重大异常情况，防汛安全整体可控。但同时也存在少数标段防汛重视不够，防淹措施不足，抗洪排涝较弱，有待进一步整改完善。
